Külliye, Halep Beylerbeyliği de yapmış olan Behram Paşa tarafından 1583 yılında inşa ettirilmiştir. Cami, mektep, sebil, çarşı ve kaysariye (han) gibi unsurlardan oluşan külliyenin hizmet görebilmesi için başta Halep olmak üzere Urfa, Mısır ve Gazze’de bulunan çeşitli gayrimenkuller vakfedilmiştir. Bunlar arasında Behramiyye Suku olarak adlandırılan iki çarşı ile han, kahvehane, boyahane, hamam, değirmen ve zeytinlik gibi akarlar bulunmaktadır.
XVI. yüzyılın sonlarından itibaren Halep’in sosyo-ekonomik yapısına kat- kıda bulunan külliye, Osmanlı arşiv kayıtlarında “Behram Paşa Camii Evkafı” olarak yer almaktadır. Vakıf, özellikle XIX. yüzyılda bazı yolsuzluk ve usulsüzlük iddialarıyla gündeme gelmiştir. Bu dönemde vakıf gelirlerinin vakfiye şartlarına uygun olarak sarf edilmediği, akarların satıldığı ve vakfın kötü idaresinden dolayı külliyenin giderek harabeye dönüştüğü ileri sürülmüştür. Nitekim Halep hariç olmak üzere vakfa gelir sağlayan akarların neredeyse tamamının elden çıkması bu iddiaları doğrular niteliktedir. Öte yandan aynı dönemde bu iddiaların aksine külliye ve vakıf akarlarının tamir edildiği görülmektedir.
Osmanlı hakimiyetinden sonra külliyenin fiziki yapısında esaslı bir değişiklik olmamıştır. Sadece zamanla yıpranan bazı bölümleri yenilenmiş ve külliyeye küçük ilaveler yapılmıştır. 2008 yılında camii restore edilen külliye faaliyetine devam etmekle birlikte vakfa ait akarların bir kısmı asıl işlevini kaybetmiş veya tamamen atıl duruma gelmiştir.