Niksar günümüzde Tokat iline bağlı bir ilçe merkezi olup Yeşilırmak'ın en uzun kolu olan Kelkit Çayı Vadisi'nin kuzey kesiminde kurulmuştur. Denizden yüksekliği ortalama 350 metredir. Eski çağlarda inşa edilen ve Niksar kalesi adıyla anılan bir kalesi bulunmaktadır. Niksar kalesi, Çanakçı ve Maduru dereleri arasındaki tepe üzerindedir. Tarihi şehir de, önce bu iki derenin arasını dolduran Niksar kalesinin yer aldığı tepede kurulmuş, nüfusun büyümesine paralel olarak kale dışına taşmış ve özellikle de güney, batı ve doğu yönlerinde yayılarak gelişmiştir. İlçede Karadeniz iklimi ile kara iklimi arasında bir geçiş iklimi hakimdir.
